与同事双方都有转账记录公司认为违反公司规章制度,这样对吗?

个人之间的转账（不涉及公司财务的）公司无权干涉；如果是涉及公司财务的转账则要服从于公司的管理规定或制度，公司管理规定或制度的禁限止事项，违反了就属于违规行为。

转账记录能作为出轨证据吗？

对于转账记录来说，这个不能作为出轨的这个不能作为出轨的证据。找到两个人的开房记录。就能作为出轨的证据。